三坪房間的侵略者!?

故事的主角里見孝太郎，在高中入學前因為父親調職而開始一個人生活。孝太郎租下了房租每月五千日幣，免押金、禮金，價格特別便宜的屋齡25年公寓，可樂娜莊的106號房。決定住進這間只有三坪大（六塊榻榻米大小，即原書名的「六畳間」）的房間開始新生活。但106號房卻是間因為鬧鬼，從來沒人能久租的房間。開學典禮當晚，謠傳中的幽靈——東本願早苗出現在孝太郎面前。早苗主張是她先開始住在106號房，在雙親回來之前必須一直在這裡等待，而想把孝太郎趕出房間。兩人爭了一個晚上未分出勝負而暫時休戰，沒想到隔天自稱魔法少女的虹野由莉佳破窗而入，再過一天又出現號稱古代文明末裔的地底人少女——倉野奇莉華，接著是外星人——神聖佛德賽銀河皇國第七王女提亞蜜思林·葛雷·佛德賽，每個人都各懷鬼胎，想將106號房佔為己有，讓房間陷入一片混亂！